Le cursus du Bachelor of Arts en musique se déroule sur trois ans. Les étudiants qui ont réussi le concours d’entrée suivent un tronc commun de formation musicale générale, comportant notamment des enseignements de solfège, d’harmonie, d’éléments d’analyse ou encore des ateliers corporels. À ce tronc commun s’ajoutent les modules de pratique d'ensemble en petite et grande formation, et des modules de discipline principale propres à chaque cursus : instruments et instruments historiques, chant et chant baroque, composition, direction d'orchestre, direction de choeur, ainsi que musique et musicologie en collaboration avec l'Unité de musicologie de l'Université de Genève. 

Le Bachelor dispensé par la HEM est généraliste et constitue un passage obligé vers les masters. L’orientation principale des études ne s’opère en effet qu’au niveau du second cycle d’études.