La HEM forme les musiciens et musiciennes polyvalent-e-s de demain en les accompagnant dans l’épanouissement de leur personnalité artistique singulière. Le cursus de formation de la HEM s'effectue auprès de professionnel-e-s de haut niveau et engagé-e-s dans l'enseignement et la pratique des musiques anciennes aux plus contemporaines, de l’improvisation aux musiques écrites en passant par le mouvement, les musiques électroniques ou celles du monde. Les disciplines sont regroupées au sein de six départements (instruments à claviers, instruments de l'orchestre, composition et théorie, musique ancienne, musique et mouvement, vocal) et de deux filières (ethnomusicologie et pédagogie).
La HEM délivre à ses étudiant-e-s des diplômes Bachelor et Master en musique et offre des formations continues qui leur ouvrent des perspectives professionnelles variées : interprètes, pédagogues, responsables de projets culturels ou encore créateurs. Ces perspectives sont renforcées par les collaborations étroites avec des acteurs culturels locaux, nationaux et internationaux.
La HEM organise également des concerts et événements de tous types dans et hors les murs. Accessibles à tous, ces prestations reflètent la spontanéité et la diversité des personnalités musicales des étudiant-e-s.
La HEM soutient par ailleurs de nombreux projets de recherche artistique en collaboration avec des partenaires scientifiques et artistiques locaux et internationaux et dans toutes sortes de domaines (création, interprétation historique, dialogue interculturel, numérique, évolutions du métier, etc.).