La Haute école de musique de Genève est structurée par départements et filières, chacun-e disposant de compétences propres en matière d’enseignement, de recherche et de diffusion : département des instruments à clavier, département des instruments de l’orchestre, département vocal, département de musique ancienne, département de musique et mouvement, département de composition et théorie, ainsi que les filières ethnomusicologie et pédagogie.
De nombreuses activités relient les départements (pratiques d’ensemble, travail entre compositeurs, improvisateurs et interprètes), qui sont également engagés dans des collaborations pluridisciplinaires avec d’autres écoles.