La génomique est l’étude par séquençage du génome entier d’un organisme, la transcriptomique étudie l’expression de ce génome et les interactions avec son environnement. La métagénomique permet l’étude de tous les génomes d’une communauté de microorganismes procaryotes et eucaryotes dans un environnement donné. Le metabarcoding se caractérise par une pré-amplification de barcodes (fragments d’ADN) avant l’étape de séquençage afin d’identifier les espèces recherchées d’un environnement.
Les applications proposées et menées à HEPIA relèvent du domaine de l’environnement, de l’écologie ou de l’agronomie. Les entreprises peuvent donc bénéficier d’un champ très étendu de prestations, comme par exemple: analyse du microbiote des produits de la ruche (gelée royale, miel, pain d’abeille, pollen), de la sève de bouleau fraîche et fermentée, du microbiote des intestins humains artificiels, du microbiote des sols après traitement à la vapeur de haute intensité, monitoring de la macrofaune ou suivi de certaines espèces dans des étangs d’altitudes, ou encore analyse du régime alimentaire d’espèces vertébrées.
Vue d'ensemble vulgarisée du processus d'analyse d'échantillons. Images: J. Crovadore, HEPIA
Analyse d'ADN environnemental (eDNA) par métabarcoding (Projet LibelAlps / B. Oertli). Images: M. Lamouille-Hébert
Analyse et suivi du microbiote de l'intestin humain artificiel par métagénomique (Projet GUTM / W. Brück et F. Lefort). Image: J. Crovadore, HEPIA
Partenaire(s) de projet
Responsable de projet - équipe
Julien Crovadore
(HEPIA),
François Lefort
(HEPIA)
