Le laboratoire d’écologie aquatique déploie son savoir-faire dans les domaines suivants:
- Tri, identification et échantillonnage des macroinvertébrés aquatiques
- Identification, échantillonnage, biométrie et marquage des poissons
- Identification et échantillonnage de la flore aquatique
- Inventaires batrachologiques
- Mesures et analyses physico-chimiques (eau des rivières, fleuves, étangs, lacs et autres plans d’eau)
- Squelettochronologie (scalimétrie, otolithométrie,…)
- Télémétrie (RFID, radio, acoustique, P-Sat)
- Échosondage
Le laboratoire est réparti sur deux espaces:

Laboratoire dans l'ancienne ferme (3 places de travail équipées)

Laboratoire dans le bâtiment central (5 places de travail équipées)