Le 17 décembre 2004, les Chambres fédérales ont adopté le texte de la réforme "Bologne" selon lequel les hautes écoles spécialisées proposent une formation en deux cycles sanctionnés par le diplôme Bachelor (1er cycle) et Master (2ème cycle).

Cet accord offre une meilleure reconnaissance des diplômes HES au niveau national et international. Il renforce également la collaboration entre établissements d’enseignement supérieur, y compris les universités.

Bachelor HES et Master HES = caractéristiques

Ce qui caractérise un Bachelor HES ou un Master HES est son aspect "professionnalisant".

A la différence des Bachelors ou Masters Universitaires, les étudiant-e-s obtiendront un diplôme attestant d'une qualification professionnelle dans un domaine précis.

Le diplôme s'obtient avec 180 crédits validés par l'école dans laquelle se déroule la formation. Ceci nécessite une durée d'environ 3 ans d'études à temps plein.
Les premières filières « Bachelor » ont démarré en 2005.

Le Master permet aux étudiant-e-s d’approfondir leurs compétences acquises au niveau Bachelor ou dans un domaine spécialisé.

Les connaissances à acquérir au niveau Master sont en lien étroit avec la recherche et le développement. A ce niveau une importance particulière est accordée à l'interdisciplinarité des études et à leur orientation vers les sciences appliquées.

Le diplôme est obtenu après une durée d’une année et demie (90 crédits ECTS validés). L’accès à cette seconde filière HES présuppose l’obtention du Bachelor et/ou d’un diplôme HES reconnu comme équivalent. Ce second cycle d’études permet également de renforcer la collaboration avec les universités et les écoles polytechniques fédérales (EPF).

L'accord de Bologne ne modifie pas les doctorats (diplômes de 3ème cycle).